Научный журнал «Сибирская финансовая школа» был учрежден Сибирским институтом  финансов и банковского дела в 1996 году и зарегистрирован в Комитете РФ по печати за № 015028 от 27.06.1996 как журнал для практиков финансового рынка. Первоначально журнал имел второе название – «Аваль».
Первым главным редактором журнала был известный ученый, Заслуженный экономист Российской Федерации, доктор экономических наук, профессор Рифат Мир-Ахмедович Гусейнов. С 1997 года и по сей день бессменным главным редактором журнала является Наталья Васильевна Фадейкина  – доктор экономических наук, профессор, Заслуженный деятель науки и Заслуженный экономист Новосибирской области, ректор Сибирской академии финансов и банковского дела с 1997 по 2020 гг. 
(В 2007 году Сибирский институт банковского дела получил статус «академия» и сменил название – Сибирская академия финансов и банковского дела). 
В марте 2001 года журнал «Сибирская финансовая школа» был удостоен золотой медали «Сибирской ярмарки».
В 2005 году журнал «Сибирская финансовая школа» впервые был внесен в Перечень ВАК России – Перечень ведущих рецензируемых научных журналов и изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертации на соискание ученой степени доктора и кандидата наук (направление «Экономические науки»).
В декабре 2007 года награжден  Знаком отличия «Золотой Фонд Прессы».
В 2008 году  журнал включен в национальную информационно-аналитическую систему «Российский индекс научного цитирования» (РИНЦ) и размещен в интегрированном научном информационном  ресурсе в российской зоне сети Интернет НЭБ  в  свободном   доступе.
 В 2013 г. (в числе 1500 высокорейтинговых  научных журналов, отобранных из более чем 3000 изданий) метаданные журнала «Сибирская финансовая школа» размещены в системе SCIENCE INDEX,  созданной на основе РИНЦ, с глубиной погружения 10 лет (2003-2013 гг.).
В 2020 году Сибирская академия финансов и банковского дела прекратила свою деятельность. Новым учредителем журнала «Сибирская финансовая школа» стал  Новосибирский государственный университет экономики и управления.
В июле 2021 году изданию исполнилось 25 лет. За этот период в свет вышли 138 выпусков журнала, опубликованы 3174 статьи, которые процитированы 13918 раз, а количество авторов статей превысило цифру 2050.